Después de los testimonios del padre Santos y Velázquez, el lienzo de Van Dyck sigue en el manuscrito anónimo de 1698 (quizá de Alonso de Talavera) que lo ve sobre la puertecilla siguiente [del Atrio o Zaguán] está una Nuestra Señora, es de Antonio Van Dick, flamenco[1]. Numerosos testigos en el siglo XVIII nos confirman su permanencia en el mismo lugar. No pasó desapercibido al Vago Italiano (Norberto Caimo 1755): Dall´altro lato sopra la pirma porta corresponde al Ribera il celebre Vandik con una Vergine, che porta il Bambino, lavoro che mostra tutte le pittoresche bellezze (…) Le quatro reiferite opere sono state date da Filipo IIII. Le oltre quattro poste in quess´atrio conservansi dal tempo di Filippo II[2]. Igual Andrés Ximénez (1764)[3] y Antonio Ponz (1773) alabando Las salas de los capítulos, situadas al mediodía de la fábrica, [que] tienen su entrada por el claustro baxo, á cuyo piso están. Se reducen a tres piezas: la del medio es como antecámara de las otras dos, y contiene las pinturas siguientes: (…) De Vandyck es una nuestra Señora con el Niño, hermoso quadro, y pintado con el mejor gusto de color[4]. El autor del anónimo manuscrito publicado por Ángel Custodio (que hoy sabemos es Ceán Bermúdez) omitió las pinturas del atrio por considerar innecesario repetir la carta cuarta nº 28 de la primera edición de don Antonio Ponz. Así, está implícito el lienzo que tratamos, limitándose a afirmar que allí estaba lo mejor de El Escorial[5]. Para Antonio Conca (1793) la pintura de La Virgen y el Niño es un bellísimo cuadro del mejor gusto de Van Dyck: … como pure si è Nostra Signora col Bambino un bellísimo Quadro tra´belli del Wandick dipinto con quel miglior gusto di colorito, che sapeva dare alle sue immagini…[6].
La estancia del atrio se abría a los Capítulos prioral y vicarial. El montaje se debe a Velázquez y da testimonio muy directo el padre Julio Chiflet. Es un prestigioso visitante que vive aquellos momentos, fue capellán de honor del rey a quien acompañó Velázquez en su visita a la colección del monasterio. Fue testigo de la generosidad del rey en aquella casa y del quehacer de Velázquez como museólogo[7]. Atrae los ojos por la excelente pintura y amplitud del espacio. Tomó nota de las pinturas de Van Dyck entre las que estaría la que nos ocupa[8]. Tuvo comentarios para los marcos labrados y dorados con la compañía del marqués de Aytona a quien Van Dyck retrató en el mas bello caballo del género[9].
El atrio tiene ya completa su decoración en la edición del padre Santos de 1667 citada, pero en la de 1657 y Memoria de Velázquez de 1656 están cinco sin precisar los asuntos. Entre ellas estaría la Virgen con el Niño de Van Dyck. La distribución según el plano de Bassegoda sería la que sigue: San Juan Bautista de Ribera y Cristo Bendiciendo de Tiziano (perdido). En el muro frontal La Virgen y el Niño de Van Dyck emparejado con la Anunciación de Federico Barocci (perdido). En el lado norte las bodas de Canaá de Veronés y en el sur San Jerónimo de Lorenzo Lotto, La Virgen con Santa catalina y San Sebastián, copia de Corregio y el Martirio de Santa Justina de Luca Giordano[10] .
Van Dyck, Virgen con el Niño, El Escorial (en color). Y de izquierda a derecha: F. Barocci, Anunciación, (perdido); L. Lotto, San Jerónimo Penitente, Museo del Prado; L. Giordano, Martirio de Santa Justina, El Escorial; Copia de Corregio, Virgen con el Niño, santa Catalina y san Sebastián, El Escorial; Tiziano, Salvador, (perdido); J. Ribera, San Juan Bautista, colección privada, Ginebra. P. Veronés, Bodas de Caná, Museo del Prado.
El descalabro de las colecciones del monasterio por la invasión napoleónica va a alterar la historia como es bien conocido. Localizamos el lienzo en 1811 en el Palacio nuevo en la otra cámara del dormitorio de la reyna, precisando su procedencia de El Escorial: “66- La Virgen y el Niño Jesús. Idem [Vandik] traída del Escorial”[11]. Un año antes del inventario, las pinturas citadas de El Escorial están documentadas con este destino en las relaciones de Quilliet para enviar al Palacio por “Orden del rey intruso, en 15 de octubre de 1810”, entre ellos localizamos la Virgen y el Niño[12].
